かつて人里から遠く離れた森の奥地に、ポケモンの存在があった。
そのポケモンたちの楽園に、幻のポケモン・ザルードの謎を解き明かすヒントがある。
岡崎体育率いる探検隊は、大森林の奥地3000キロを踏破し、はたしてザルードの痕跡を見つけ出すことはできるのか？
～探検隊メンバー紹介～
岡崎体育隊長……あの「コロコロ４０周年のうた」を作曲し、アニメ「ポケットモンスターサン＆ムーン」でもＯＰ、ＥＤ曲を担当した。今回の映画では音楽プロデュースを担当。その功績とポケモンへの探求心を買われ、コロコロが結成した探検隊のリーダーに就任する。
ＧＯ！森田隊員……ザルード研究家として名高い。岡崎隊長のサポート役に適任ということで探検隊に参加。ポケモンＧＯも好き。
ヤマガタ隊員……コロコロコミックの新人編集者。体力仕事の雑用係のほかに、ポケモンについてもっと深く知るために今回探検隊に参加した。
ザルードを探すため、ミーティング開始！
今回の目標であるザルードの写真を片手に早くも闘志を燃やす岡崎隊長。コロコロ編集部に届けられた複数のザルード目撃情報をもとに、緻密な作戦を練る。テキパキとミーティングを仕切る隊長の手腕に、隊員も圧倒されっぱなしだったのだ！
すぐさま移動開始！機敏な行動が勝利を生む！
ミーティングを済ますや否や、探検道具を手早くまとめてコロコロ編集部を後に。幾多のジャングルを走破した大型車を用意し、颯爽と乗り込む探検隊であった。
しかし、隊長は移動中さえも休まずに、予習を欠かさなかった！ 車内でも休むことなく自前のNintendo Switchを起動。『ポケットモンスター ソード・シールド』を立ち上げ、ザルードのことを研究し始めるのだった。
森田隊員「ん～、自分は右の道だと思います。」
ヤマガタ隊員「意外と左の道がいい気がします。」
……はたして探索はうまくいくのだろうか!?
探検隊、森へ！そこは危険な罠が!?
ミーティングと移動を難なく済ませた探検隊。ザルードの発見は順調に進むかと思われたが、おとずれた森は危険な魔境だった！
深入りして崖から落下しそうになったり、隊員が落木の餌食に……。これは自然の災害なのか、それとも何者かが行く手をはばもうとしているのか!? 岡崎探検隊に最大の危機がせまる！
